בתי הדין לביקורת משמורת של שוהים שלא כדין פועלים מכח תיקון מספר 9 לחוק הכניסה לישראל, התשי"ב-1952, אשר התקבל בכנסת ביום ה' באב התשס"א (25 ביולי 2001).
יחידת בתי הדין פועלת במשרד המשפטים ומשוייכת מבחינה ארגונית, כתת יחידה בלשכת היועץ המשפטי למשרד. עד חודש יוני 2004 פעלו בתי הדין במסגרת משרד הפנים.